La thèse suit deux axes principaux. Il s'agit, dans un premier temps, de détecter une moisissure rapidement, y compris en cas de contamination "masquée" : moisissure encore invisible à l'œil nu, moisissures présentes au cœur même des structures du bâtiment (filtres de ventilation, par exemple). Stéphane Moularat met donc au point une méthode chimique de détection des moisissures. Méthode qui a néanmoins ses limites : les moisissures sont détectables, soit, mais pas encore quantifiables. L'évaluation exacte de l'exposition des personnes constitue donc le second volet de recherche de Stéphane. Habituellement, ce type de quantification se fait par culture en laboratoire de particules biologiques collectées in situ. Un système qui a le mérite d'exister mais qui n'en reste pas moins partiel. « Les prélèvements de ce type de collecte sont limités dans le temps : en ce sens, ils ne sont pas "réels", explique Stéphane. Ensuite, en laboratoire, ne pousse et ne se développe que ce qui veut bien pousser et se développer ! » Stéphane Moularat propose donc de mieux "coller" à la réalité : des prélèvements cumulés permettent des mesures à interpréter sur une semaine. Surtout, il développe une technique pour mesurer la biomasse totale et par là même, la toxicité de cette biomasse. Les techniques de détection et de dosage mises au point lors de cette thèse ont conduit au dépôt de deux brevets d'invention.
A terme, la thèse de Stéphane Moularat, qui met au point à la fois des techniques de dosage des mycotoxines dans l'air et de la biomasse aéroportée, est susceptible d'intéresser non seulement le secteur de l'habitat mais aussi l'industrie alimentaire (en cas, par exemple, de contamination de la chaîne de production) ou encore le milieu hospitalier (maladies nosocomiales).